Ім'я "Ніжин" походить від слова "Нѣга" або є суфіксальним дериватом імені "Нѣжа", яке згадується в XIV столітті в Сербії. Історичні згадки про ім’я можна знайти у записі "Нѣжънъ" в патронімі "Нѣжънович" з міста Київ. Також є згадки про назву XV століття озера "Нѣженъ", що знаходиться біля міста Овруч, а також козацьке прізвище "Нѣжинецъ" з 1649 року.